Niepowtarzalna podróż, która rozpoczęła się w Osobliwym domu pani Peregrine, trwa. Jacob Portman i jego nowi przyjaciele wyruszają do Londynu, stolicy osobliwego świata. Liczą na to, że znajdą tam pomoc dla ukochanej dyrektorki, pani Peregrine, uwięzionej w ciele ptaka. W ogarniętym wojną mieście czekają ich jednak liczne, okropne niespodzianki. Zanim Jacob zapewni bezpieczeństwo osobliwym dzieciom, musi podjąć ważną decyzję w kwestii swojej miłości do Emmy Bloom.
Miasto cieni to książka o niezwykłym świecie telepatii pętli czasowych, o pokazach w lunaprkach i istotach umiejących przybierać inne formy. Nie brakuje w niej dorosłych "osobliwców", śmiertelnie niebezpiecznych upiorów oraz niesamowitej menażerii niepowtarzalnych zwierząt. Podobnie jak poprzednia książka z serii o osobliwych dzieciach, Miasto cieni łączy fantazję z niepublikowanymi dotąd dawnymi zdjęciami, tworząc jedyną w swoim rodzaju, niezapomnianą lekturę.